Además de múltiples joyas de la naturaleza, Eslovenia cuenta con varios espacios cuidadosamente protegidos gracias a la declaración de Patrimonio de la Humanidad por parte de Unesco. En la ilustre lista figuran dos de carácter cultural y uno natural: los dos primeros son los Palafitos del entorno de los Alpes y las minas de mercurio de Idria; y el natural las Grutas de Škocjan.
Las grutas de Škocjan (Škocjanske jame en esloveno) fueron las primeras en 1986 en ser consideradas por Unesco un lugar único. El conjunto protegido abarca una red de cavidades que se prolongan a lo largo de más de seis kilómetros de longitud a unos doscientos metros de profundidad, formando cuevas, cascadas y una de las bóvedas subterráneas más grandes descubiertas, la sala Martel que tiene unas dimensiones de 146 metros de altura, 120 de ancho y 300 de largo. Su ubicación en la región del Kras, dió nombre a este tipo de formaciones creadas a partir de la erosión de los ríos subterráneas que forman dolinas.
En 2011 los construcciones de los Palafitos Alpinos de Eslovenia del pantano de Ljubljansko barje, viviendas sustentadas con pilares de madera sobre espacios inundados como lagos, lagunas o ríos, fueron declarados patrimonio junto a otros situados en Alemania, Austria, Francia o Italia. Del total de 111, en Eslovenia podemos conocer estas estructuras que ya desde el quinto milenio a.C. hasta el siglo V a.C. Su conservación es vital para entender el paso del hombre nómada al sedentario, con la creación de asentamientos fijos y una estructura económica agraria que permitió el desarrollo de la Edad de Bronce. El lago que ocupaba el área donde están los palafitos ya no existe, y gracias a ello se pudo hallar una pieza excepcional, la rueda con el eje más antigua del mundo que según estudios tiene 5200 años de antigüedad.
Las minas de Mercurio de Idria son junto a las de Almadén, un ejemplo de explotación mineral histórico, puesto que las primeras dataciones de mercurio en Idria son de 1490. La conservación de este ejemplo de arqueología industrial, con la colonia minera que extraía el mineral y habitaba Idria, logró el sello Unesco en 2012. En uso hasta época reciente, Idria fue uno de los centros más importantes de exportación mundial de Mercurio.
Además de los tres espacios declarados patrimonio Unesco, Eslovenia ha presentado la candidatura para incluir tres nuevos lugares muy destacados por su valor natural como los Montes Fuzina en Bohinj y las formaciones de Karts en los Alpes eslovenos, ambas en la región de Obalno-kraška -y propuestas en 1994- , y el Hospital Partisano de Franja (2000) como bien de interés cultural, situado en Goriška.
